1900-1901年：拜仁慕尼黑的第一版队徽参考了当时德国出色的足球俱乐部 D.F.C 布拉格字母相叠式的队徽风格，其蓝白色的条纹来自于巴伐利亚地区标志的蓝白配色。

1906-1919年：这一时期的队徽缺乏独立创造性，艺术家在1900年到1906年接连设计了以 C.M.F.B.相叠和以 M.S.C.相叠的两版队徽。1906年1月1日，拜仁俱乐部与富裕的慕尼黑体育俱乐部联合，队徽也随之发生了变化。从1906至1919年10月，当时还称为慕尼黑 SC 的球队使用了新的一版队徽，以 BAYERN 以及 F.A.为主体，配以从1906年流传下来的红白色主色调（与慕尼黑体育俱乐部有关），形成了八边形队徽。

1923-1954年：拜仁慕尼黑使用了新的队徽，该队徽又重新恢复了1901年队徽的叠字风格，由 F.C.B.M.（FC Bayern Munchen）所变形组成。

1954年：拜仁慕尼黑俱乐部第一次加入了巴伐利亚州官方旗帜（蓝白菱形款），奠定了现代队徽的基调。

1961年至今：队徽中央的蓝白菱形图案原型是巴伐利亚州的州旗，作为巴伐利亚首府慕尼黑的球队，蓝白菱形图案从1961年开始就出现在了拜仁的队徽里，持续至今。

拜仁慕尼黑最近的一次修改队徽是在2023年6月，当时拜仁对队徽做了五处“大家来找茬”级别的调整。